Le directeur de l'école, ou le chef d'établissement du collège ou du lycée, élabore le projet avec le médecin scolaire. L'existence du PAI, dont notamment son protocole d'urgence, doit être connue de tous les acteurs du parcours scolaire de l'élève afin de leur permettre de réagir à bon escient dans l'intérêt de l'élève.

Le PAI précise le rôle et la complémentarité des interventions dans le respect des compétences de chacun. Il associe l'enfant ou l'adolescent, sa famille, l'équipe éducative ou d'accueil (péri-scolaire), les personnels de santé rattachés à la structure (médecin, infirmiers scolaires), les partenaires extérieurs et toute personne ressource ayant à prendre en charge l'élève dans son parcours. Le PAI définit les adaptations apportées à la vie de l'enfant ou de l'adolescent durant l'ensemble de son temps de présence au sein de l'établissement scolaire. Il indique notamment les régimes alimentaires, aménagements d'horaires, les dispenses de certaines activités incompatibles avec sa santé et les activités de substitution qui seront proposées.

Le projet d'accueil individualisé peut être révisé à la demande de la famille ou de l'équipe éducative de l'école ou de l'établissement scolaire concerné en fonction des besoins de l'enfant.